根據(jù)海關的有關規(guī)定，境外收貨人必須與報關單上的一致。因此，在此情況下，發(fā)票不能開給深圳的關聯(lián)公司，而應該開給香港的A公司。如果對方出具關聯(lián)公司證明，則可以在報關單上注明深圳的關聯(lián)公司，以表明收貨人的合法性及發(fā)票的最終接收人。另外，由于出口報關過程會觸碰到海關，同時也存在相關的法律法規(guī)，如海關進出口稅則條例等，因此操作時應注意相關法規(guī)及海關規(guī)定，以避免違反海關規(guī)定及發(fā)生報關糾紛。此外，有關報關單的填寫格式也需要按照海關規(guī)定來填寫，以減少可能出現(xiàn)的報關問題。