是的，嵌入式軟件申請退稅時，正常銷售部分會有影響。根據(jù)《中華人民共和國反壟斷法》第四十六條規(guī)定：企業(yè)之間的促銷行為，包括以減稅的方式減少銷售價格，有可能影響市場競爭，應當符合反壟斷法的規(guī)定。由于嵌入式軟件退稅政策可能會給其他市場競爭者帶來不公平的競爭優(yōu)勢，因此企業(yè)在申請退稅時必須特別注意此類減稅行為是否會影響競爭關系，以便有效避免發(fā)生反壟斷問題。此外，政府機構也可能對此類減稅行為進行審查，以確保稅收減免不會對市場競爭產(chǎn)生不公平影響。