付員工經濟補償金應該準備兩張憑證：一張付款憑證，另一張為補貼登記憑證。第一張憑證須包括收款方名稱、付款賬號、金額、付款方式等內容；第二張憑證應當包括事項名稱、原因及依據、補貼金額及費用類別等內容。并且這兩張憑證都需要有公司財務部門的蓋章和負責人簽字，以證明該筆資金已經付出，同時經過記賬，記錄在企業(yè)財務報表中。