有限責(zé)任公司（自然人獨(dú)資）要報(bào)稅的稅種有所得稅和增值稅，報(bào)稅的上面是國家稅務(wù)總局，具體流程是：首先準(zhǔn)備報(bào)稅資料，然后按照要求登錄稅務(wù)網(wǎng)上申報(bào)系統(tǒng)，按照系統(tǒng)的提示完成報(bào)稅，最后備案及繳稅。