根據(jù)中國稅法，個人所得稅的計算方法為：

應(yīng)納個人所得稅 = 應(yīng)納稅所得額 × 稅率 - 速算扣除數(shù)

其中，應(yīng)納稅所得額是指一個納稅人在一個納稅年度內(nèi)所得的全部收入減去各種減除費(fèi)用后的余額。稅率和速算扣除數(shù)則是根據(jù)應(yīng)納稅所得額的不同檔次而定的。

對于工資收入，應(yīng)納稅所得額的計算方法為：

應(yīng)納稅所得額 = 工資收入 - 個人社保公積金繳納金額 - 5000元的起征點(diǎn)

其中，個人社保公積金繳納金額是指個人在一個納稅年度內(nèi)繳納的社會保險費(fèi)和住房公積金的總額。起征點(diǎn)是指個人所得稅法規(guī)定的免征額度，目前為5000元。

根據(jù)題目所給的信息，工資為12000元，假設(shè)個人社保公積金繳納金額為3000元，則應(yīng)納稅所得額為：

應(yīng)納稅所得額 = 12000 - 3000 - 5000 = 4000元

根據(jù)中國稅法，應(yīng)納稅所得額在4000元以下的，稅率為3%，速算扣除數(shù)為0元。因此，該納稅人應(yīng)繳納的個人所得稅為：

個人所得稅 = 4000 × 3% - 0 = 120元

因此，工資為12000元、個人社保公積金繳納金額為3000元的納稅人應(yīng)繳納的個人所得稅為120元。