如果香港物流公司在深圳沒有常設(shè)機(jī)構(gòu)，且運(yùn)費(fèi)收入屬于來源于香港的所得，深圳公司不用代扣代繳企業(yè)所得稅；若香港物流公司在深圳有常設(shè)機(jī)構(gòu)，或者運(yùn)費(fèi)收入被認(rèn)定為來源于中國內(nèi)地的所得，深圳公司就需要代扣代繳企業(yè)所得稅。判斷常設(shè)機(jī)構(gòu)要看其是否在深圳有經(jīng)營場所等相關(guān)情況，判斷所得來源地要看運(yùn)輸起運(yùn)地或目的地是否有一端在中國內(nèi)地。