在這種情況下，自然人A轉(zhuǎn)讓股權的差額部分（即轉(zhuǎn)讓價格減去原始成本）將需要繳納個人所得稅。具體稅率依據(jù)《個人所得稅法》相關規(guī)定，股權轉(zhuǎn)讓所得適用20%的稅率。同時，還需考慮是否有適用的稅收優(yōu)惠政策。