同學您好，企業(yè)在3月底清欠了1-2月所屬期的稅款，應將清欠的稅款金額填寫在對應的稅款所屬期的申報主表中。因此，如果清欠的是1-2月的稅款，應將其填在2月所屬期的申報主表中，確保申報數據的準確性和完整性。