農(nóng)業(yè)企業(yè)零申報后，所得稅的處理辦法是：首先，農(nóng)業(yè)企業(yè)應(yīng)該在稅務(wù)機關(guān)核定的期限內(nèi)按規(guī)定的稅率繳納應(yīng)納稅額。其次，如果農(nóng)業(yè)企業(yè)零申報，可能會產(chǎn)生一些違反稅收征管法規(guī)的行為，此時稅務(wù)機關(guān)將根據(jù)有關(guān)規(guī)定對其進行處罰。最后，農(nóng)業(yè)企業(yè)應(yīng)當(dāng)加強財務(wù)管理，準(zhǔn)確計算納稅義務(wù)，及時向稅務(wù)機關(guān)申報納稅。 拓展知識：稅收籌劃是企業(yè)節(jié)約成本、增加利潤的重要手段，它主要從稅收征收形式、征收范圍、征收程序和征收水平四個方面來進行稅收籌劃，以達到節(jié)稅目的。