農(nóng)民專業(yè)合作社申報個稅所得稅的流程是：首先要在財政部門的指定網(wǎng)站上進(jìn)行網(wǎng)上申報，財政部門會根據(jù)該財政部門條例規(guī)定的稅率，錄入個人與專業(yè)合作社的納稅信息，確認(rèn)申報材料的有效性；然后，合作社需收集所有個人與專業(yè)合作社的繳費憑證，拿到繳費憑證后，合作社可以將收據(jù)和申報材料一起送交財政部門；財政部門會審核所有材料和憑證，根據(jù)申報材料數(shù)據(jù)計算個人與專業(yè)合作社的所得稅。最后，合作社可以繳納所得稅，收到財政部門的確認(rèn)后，個人與專業(yè)合作社將完成個稅所得稅的繳納程序。