根據(jù)《中華人民共和國(guó)個(gè)人所得稅法》規(guī)定，自然人代開(kāi)50萬(wàn)元發(fā)票，應(yīng)當(dāng)繳納5000元稅款作為個(gè)人所得稅。 首先，根據(jù)《個(gè)人所得稅法》規(guī)定，所得稅是指超出起征點(diǎn)（起征點(diǎn)為5000元）的所得額所得的稅款，起征點(diǎn)以上的所得額應(yīng)繳納個(gè)人所得稅，稅率分為五檔：3%、10%、20%、25%、30%，累進(jìn)計(jì)算。 其次，根據(jù)《個(gè)人所得稅法》規(guī)定，自然人代開(kāi)發(fā)票的情況，所得50萬(wàn)元的個(gè)人所得稅為5000元，其計(jì)算公式如下：50萬(wàn)元減去起征點(diǎn)5000元，為45萬(wàn)元；45萬(wàn)元乘以3%，為13500元，即個(gè)人所得稅為5000元。 最后，由于《中華人民共和國(guó)個(gè)人所得稅法》對(duì)自然人代開(kāi)發(fā)票的情況有具體上的規(guī)定，所以自然人代開(kāi)50萬(wàn)元發(fā)票應(yīng)當(dāng)繳納5000元的個(gè)人所得稅。 拓展知識(shí)： 除了自然人代開(kāi)發(fā)票，法人和其他組織代開(kāi)發(fā)票也要繳納個(gè)人所得稅，根據(jù)《個(gè)人所得稅法》規(guī)定，繳納的稅款=應(yīng)納稅所得額×適用稅率-速算扣除數(shù)。