是的，您可以抵扣農民合作社的普通發(fā)票。稅務登記計算機系統(tǒng)中，普通發(fā)票與增值稅專用發(fā)票一樣，都可以抵扣稅收，只要本發(fā)票的填開與稅務機關的要求相符，本發(fā)票的內容是真實的，發(fā)票持有人是發(fā)票的供應商，發(fā)票使用合法，發(fā)票上的稅額全部交付給國家。另外，您在使用免稅普通發(fā)票時，要注意勾選“本發(fā)票免稅”一欄，以便于稅務機關核銷使用。 此外，一般納稅人有抵扣稅收的優(yōu)惠政策，例如可以把計稅前收入中的一部分抵免稅收，還有一部分可以免征某些項目的稅收。但要注意，參加抵扣稅收優(yōu)惠政策的企業(yè)要依法合規(guī)經營，參加抵扣稅收的項目要選擇合理，以免造成不必要的財務損失。