老師，例如我的應納所得稅額為5000，符合小微減免了2000，實際繳納所得稅額為3000，那我這種算所得稅稅負是用5000還是3000呢

這個是用你實際繳納的計算。

也就是說應用3000去除以不含稅收入對嗎

是的，沒錯就是這么計算的。