申報個稅，總公司交社保，總公司沒有申報工資，在分公司申報工資，那社保個人部分在分公司申報工資時要不要扣個人部分？

那個是可以扣除的。沒問題

總公司交社保，分公司申報工資， 那應該怎樣做會計分錄呢？

申報個稅扣除社保，不影響正常做工資和交社保。