補繳的增值稅應該按照以下步驟進行賬務處理：
1. 記錄增值稅應納稅額和實際繳納稅額的差額為應補增值稅。
2. 根據(jù)稅務局的通知或要求，將應補增值稅及相關(guān)罰款等費用在規(guī)定的期限內(nèi)繳納。
3. 在企業(yè)的會計賬簿中，將應補增值稅及相關(guān)罰款等費用記入當期的費用或成本科目中，同時將繳納的增值稅及相關(guān)罰款等費用記入當期的應交稅費科目中。
4. 如果應補增值稅是由于之前的賬務處理錯誤導致的，需要對錯誤進行糾正，并在糾正后重新計算應繳的增值稅。

需要注意的是，不同的情況可能需要進行不同的賬務處理，具體的操作應根據(jù)實際情況進行決定。同時，建議企業(yè)在進行增值稅的賬務處理時，應遵循稅法的規(guī)定和稅務局的要求，確保賬務處理的準確性和合規(guī)性。