由于非關稅壁壘不斷增加及東非共同體各成員國間貿易政策無法協調一致，東非共同體共同市場草案實施過程中充滿阻力。由此，東非共同體私營部門建議將東非共同體秘書處轉變?yōu)橛梢粐偨y(tǒng)領導的自治委員會，通過向該機構授權從而監(jiān)督草案的實施。如委員會成立，總統(tǒng)要確保共同體決定得以執(zhí)行，并要對任何破壞條約規(guī)定或草案的成員國或個人予以責任追究。
近日，在坦桑尼亞舉行的東非商會共同市場促進論壇上，東非商會研究員表示，東非共同體各機構協調出現的問題大大降低了共同體政策制定和實施的有效性。東非共同體于2005年1月簽署關稅同盟協議，協議規(guī)定除部分敏感商品外，取消成員國間關稅和非關稅壁壘，但個別成員國利用東非共同體秘書處機構松散時機，仍部分保留了壁壘。目前東非共同體立法大會、審判法院和秘書處并沒有充分組建，對于提供較高水平的一體化服務還存在問題。
